上海海事大學實行校院二級管理體制，截止至2016年，設有商船學院、交通運輸學院、經濟管理學院、物流工程學院、法學院、資訊工程學院、外國語學院、海洋科學與工程學院、文理學院、國際教育學院、繼續教育學院、科學研究院等12個二級辦學部門，47個本科專業。
部分專業有：航海技術、行政管理、輪機工程、船舶電子電氣工程、熱能與動力工程、能源工程及自動化、交通運輸、物流管理、交通工程、航運管理、法學、經濟學、國際經濟與貿易、金融學、會計學、財務管理、工商管理、電子商務等。
上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色學科，具有工學、管理學、經濟學、法學、文學、理學和藝術學等學科門類的多科性大學，入選國家卓越工程師教育培養計劃和上海市首批深化創新創業教育改革示範高校。學校原為交通運輸部直屬高校，2000年劃歸上海市管理，2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。
