北京交通大學運輸學院下設運輸管理工程系、交通工程系、交通訊息管理工程系、城市軌道交通系以及系統工程與控制研究所、系統科學研究所。在提升學術實力，發揮“產學研”合作優勢中，學院通過積極努力先後組建了北京交通大學綜合交通研究中心、北京交通大學鐵路危險貨物運輸研究實驗室、交通運輸國家級教學示範中心、城市交通複雜系統理論與技術教育部重點實驗室，作為學校重點教學科研試驗基地軌道交通控制與安全國家重點實驗室的主要團隊均為學院的骨幹力量。另外學院還設有交通運輸智慧技術與系統實驗室、電子商務實驗室等教學科研實踐基地。
