重慶交通大學河海學院創建於1960年，由鄧小平及劉伯承領導的西南軍政委員會成立的的西南交通專科學校合併武漢水運工程學院水工系而建立。學院1985年開始招收碩士研究生，1997年水港工程系改名為河海建築工程系，2003年成立河海學院。
學院在1960年建立的水港系的基礎上不斷髮展，2001年開辦水利水電工程學科，2004年開辦地質工程學科，2005年開辦環境科學學科，2009年開辦給水排水工程學科。
學院現有“水利工程”一級學科博士點，包括 “港口、海岸及近海工程”、 “水文學及水資源”、 “水力學及河流動力學”、“水工結構工程”、“水利水電工程”等5個二級學科博士點，並擁有包括“岩土工程”、“市政工程”、“地理學”一級學科和“水利工程”一級學科所屬的二級學科在內的10個碩士點。
