事業單位企業編制通常有兩種情況，一是該單位除了有事業人員的編制外，還有的人員按企業用工對待，不佔事業編制，他們屬於工勤人員（也有事業編制的工勤人員）。二是單位除了事業編制外，另辦有企業性質的單位，隸屬於這個事業單位，該企業性質單位的人員當然身份是企業員工。
從待遇上看，理論上說，兩者完全是不同的。工資標準/福利標準都執行不同的規定。這點在退休後的待遇就會更明顯。而在實際上，很多單位因為工作需要，特別是混合使用不同編制人員的單位，往往把待遇搞成一樣，以利於調動員工積極性，但這只是單位的搞法，換個領導也可以更改，或者有關領導機關要求改正也可以輕易地就改變了這種狀況。
如果你想調動到另一個事業單位，你的企業編制肯定就不行了。當然，如今事業單位也搞聘用制，是籤合同的。但不管怎麼說，人事局管的就是事業編制的人員及他們的待遇（包括退休）。
