大便的氣味由細菌分解的產物所致，產生氣味的主要成分為吲哚、糞臭素、碳化氫、胺、乙酸、丁酸等。其中產生糞便惡臭的是吲哚、糞臭素。
食物在胃和小腸內進行消化、主要是各種消化酶的作用。結腸不產生酶，只有細菌起消化作用。結腸內有多種細菌，大腸桿菌，厭氧桿菌，還有鏈球菌、乳桿菌、芽胞和酵母。另有極少原生動物和螺旋體。腸細菌的重要作用是能產生生理需要的物質，如食物缺乏維生素時可在腸內合成維生素K、維生素B1、B2、維生素H、維生素B12、B6，葉酸和消旋泛酸。也能產生吲哚、糞臭素、硫化氫使糞有臭味。
糞便在腸內積存的時間長了就像食物在高溫環境下放久了會變質發出餿味兒一樣。腸內溫暖，大便就會很快變質，所以才臭。經常吃肉的人的大便也容易臭並且易便祕，平時最好多吃蔬菜，尤其是粗纖維蔬菜，這樣使腸道通暢，減少糞便在腸內堆積的時間，大便也不會很臭。
