車管所保管。車輛合格證是交車時隨車一起交給車主的，新車上牌時，車輛合格證原件需要入檔，由車管部門保管。只有具有合格證的汽車才符合國家對機動車裝備質量及有關標準的要求。2018年8月1日起，機動車合格證可線上辦理。
《關於機動車合格證業務線上辦理有關事項的通知》指出，自2018年8月1日起，工信部裝備中心開通機動車合格證業務平臺（以下簡稱業務平臺），梳理簡化業務辦理所需材料清單，以方便相關企業和個人線上辦理合格證業務。
業務平臺具體業務功能包括：新增企業備案、企業資訊變更、合格證正面樣式備案（僅限境內機動車生產企業辦理）、合格證正面樣式變更（僅限境內機動車生產企業辦理）、合格證系統U盾申領、新增子企業備案、子企業資訊變更、合格證系統使用者資訊找回、配置資訊系統開通（新增或變更生產廠）、免稅圖冊系統開通、票據關聯絡統開通，以及合格證批量修改撤銷申請（僅限境內機動車生產企業辦理）。
