迷你鸚鵡魚繁殖後最好隔離，隔離方式最好是在魚缸中加專用繁殖盒，避免直接把魚撈出水。孵化後的迷你鸚鵡魚可以吃細碎的蛋黃，起飛之後可以開始吃紅線蟲、豐年蝦卵等富含蛋白質的食物。
迷你鸚鵡魚繁殖後建議隔離迷你鸚鵡魚繁殖後，可以讓魚卵單獨隔離，或者母魚和魚卵一起隔離，防止小魚孵化出來後被母魚或其它大魚吃掉。如果魚缸中躲避條件較好，也隔離也是可以的。
隔離方式可以選擇在魚缸裡面加專用繁殖盒，這樣可以避免將魚從水中撈出，造成水溫、水質的劇烈變化。迷你鸚鵡魚產卵後，在15～20度左右的水溫條件下大概一週就能孵化。
孵化幾天後的小魚可以喂細碎的蛋黃，當小魚起飛後，可以喂紅線蟲、豐年蝦卵等蛋白質豐富的食物，促進它快速成長。
