共十三個線路，具體站點如下：
1、S1線路途徑站點：金沙洲碼頭、黃沙碼頭。
2、S2線路途徑站點：芳村碼頭、黃沙碼頭、西堤碼頭、天字碼頭、大元帥府碼頭、中大碼頭、廣州塔碼頭。
3、S3線路途徑站點：如意坊碼頭、坦尾碼頭。
4、S4線路途徑站點：海幢碼頭、西堤碼頭、鰲洲碼頭。
5、S5線路途徑站點：魚珠碼頭、黃埔軍校碼頭、新洲碼頭、深井碼頭。
6、S6線路途徑站點：第一段：黃沙碼頭、芳村碼頭；第二段：芳村碼頭、永興街碼頭。
7、S7線路途徑站點：天字碼頭、紡織碼頭。
8、S8線路途徑站點：省總碼頭、塹口碼頭。
9、S9線路途徑站點：白蜆殼碼頭-白鶴洞碼頭。
10、S10線路途徑站點：魚珠碼頭、長洲碼頭。
11.S11線路途徑站點：廣州塔碼頭、海心沙碼頭。
12.S12線路途徑站點：長洲碼頭、魚珠碼頭、海心沙碼頭。
13.S13線路途徑站點：南浦錦繡半島碼頭、白蜆殼碼頭、黃沙碼頭。
