泡發好的花膠瀝去多餘的水份，用保鮮袋裝起來放到冰箱冷凍，可儲存半年的時間。可放於膠箱、陶瓷、木製容器中，底部放吸潮溼劑，密封放置。剛買回來的花膠，最好先晒一晒再吃，味道會更香濃。
因為魚膠含有豐富的氨基酸等營養物質，放在米缸裡是比較好的儲存方法，而不需要放冰箱的。花膠儲存年份愈久愈好。存放花膠最怕受潮、生蟲，花膠可放於膠箱、陶瓷等容器中儲存，底部放吸潮溼劑，密封放置。
也可放在米缸儲存，或者用塑料袋密封后放於乾爽通風地方儲存。為避免花膠受潮，每年乾爽的季節把花膠放出來吹一下，也可以讓陽光晒一下，但經暴晒的花膠會捲曲，而且會開裂。對於浸發好的花膠不宜久存，應儘快食用。
