新型冠狀病毒的起源是蝙蝠。中科院武漢病毒所石正麗團隊1月23日在bioRxiv預印版平臺上發表文章《一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源》，提出新型冠狀病毒或來源於蝙蝠。
這篇文章首次證實了新型冠狀病毒使用與SARS冠狀病毒相同的細胞進入受體（ACE2），並發現新型冠狀病毒與一種蝙蝠的冠狀病毒的序列一致性高達96%。這為後續病毒致病機理、病毒溯源等研究提供了重要依據。
據介紹，2019年12月30日，在疫情暴發初期，中科院武漢病毒所積極響應武漢市政府、湖北省衛健委和武漢市衛健委的防控聯動機制，開展新型冠狀病毒樣本的收集和標準化入庫工作。研究所於2020年1月2日確定了新型冠狀病毒全基因組序列，於1月5日成功分離到了病毒毒株。1月9日該毒株資源已按標準完成國家病毒資源庫入庫，並進行了標準化保藏。
