1、形態與結構變異：
（1）細胞du壁缺陷型(L型)變異：臨床上由於抗菌藥物用不當,可使病人體內細菌發生L型變異。某些L型細菌有致病性,可引起腎盂腎炎、骨髓炎、心內膜炎等疾病。
（2）莢膜變異：例如從病人標本中分離的肺炎球菌有較厚的莢膜，致病性強，但在無血清的培養基中傳代數次後，可失去莢膜，致病性亦隨之減弱。
2、菌落變異：
細菌的菌落可分為光滑型(smooth,S)和粗糙型(rough，R)兩種。S－R變異常見於腸道桿菌,如沙門菌屬與志賀菌屬的細菌。新從患者中分離的菌株，其菌落呈S型，但經人工培養基多次傳代後，菌落變為R型。
3、毒力變異：
可表現為毒力減弱或增強，如用於預防結核病的卡介苗(BCG)即是將有毒力的牛型結核桿菌置於含甘油、膽汁、馬鈴薯的培養基中，經過230次移種,歷時13年而獲得的一種毒力減弱、抗原性完整的變異種。
4、耐藥性變異：
原來對某種抗菌藥物敏感的細菌可以發生變異而成為耐藥菌株，這種現象稱為耐藥性變異。如金黃色葡萄球菌對青黴素的耐藥菌株目前已高達95%以上。
