蒼蠅的眼睛是複眼，是一種由不定數量的小眼組成的眼睛。主要在昆蟲及甲殼類等節肢動物的身上出現，同樣結構的器官亦有在雙殼綱身上也會出現，而且複眼中的小眼面一般呈六角形。
蒼蠅的複眼約由4000個小眼組成，蝶、蛾類的複眼約有28000個小眼。小眼面的大小，不但在不同種的昆蟲中不同，而且同一個複眼中不同部位的小眼面也可不同，如雄性牛虻，複眼背面的小眼面較大；有些毛蚊，其前後部的小眼面的大小也不同，可劃分為兩個區域。這些變化與它們的生活習性等有關。
複眼是相對於單眼而言的，是昆蟲的主要視覺器官，通常在昆蟲的頭部佔有突出的位置。多數昆蟲的複眼呈圓形、卵圓形或腎形。它由多數小眼組成。每個小眼都有角膜、晶椎、色素細胞、視網膜細胞、視杆等結構，是一個獨立的感光單位。
