蒼蠅出現於白堊紀，距今1億4550萬年至6550萬年前。從緬甸一座礦井中發現的一塊形成於大約1億年前的琥珀，裡面有一隻被完整封存下來的遠古蒼蠅。
蒼蠅屬於雙翅目環裂亞目蠅科。
雙翅目昆蟲與長翅目、毛翅目、鱗翅目、蚤目皆起源於蠍蛉類複合體,由共同的祖先演化而來。
雙翅目下分直裂亞目與環裂亞目。其區別為自蛹羽化為成蟲時。蛹皮裂口形態不同。直裂亞目為蛹背部直接裂開，成蟲羽化而出，如蚊類。
環裂亞目為蛹前端環形裂開，成蟲羽化而出，如蠅類。
直裂亞目出現較早，最早的化石標本發現於侏羅紀，距今約1億9960萬年到1億4550萬年前。
環裂亞目出現較晚，化石發現於白堊紀，距今1億4550萬年至6550萬年前。
