生長代謝：細胞生命活動的全部化學轉化的總和稱為代謝，微生物將營養物質合成細胞物質的過程，稱為同化作用。即從環境到體內，由小分子合成大分子物質的過程。因此，同化作用是一個吸收能量的過程。微生物將自身的或外來的各種複雜有機物分解為簡單化合物的過程，稱為異化作用，即從體內到環境，由大分子物質轉變為小分子物質的過程，它是一個釋放能量的過程。異化作用為同化作用提供能量及原料。
共代謝：有一類物質稱為外生物質或異生物質，是指一些天然條件下並不存在的由人工合成的化學物質，例如殺蟲劑，殺菌劑和除草劑等，其中許多有易被各種細菌或真菌降解，有些則需新增一些有機物作為初級能源後才能降解，這一現象稱為共代謝。必須在生長基質和其他可轉化化合物存在下，微生物對非生長基質的轉化，只有在初級能源物質存在時才能進行的有機化合物的生物降解過程。
