三個股東分配股份最合理的方法是：個人出資額所佔比例=個人出資額÷三人出資總額×100%。股權是有限責任公司或者股份有限公司的股東對公司享有的人身和財產權益的一種綜合性權利。即股權是股東基於其股東資格而享有的，從公司獲得經濟利益，並參與公司經營管理的權利。
【法律依據】
《公司法》第37條，股東會行使下列職權：
（一）決定公司的經營方針和投資計劃；
（二）選舉和更換非由職工代表擔任的董事、監事，決定有關董事、監事的報酬事項；
（三）審議批准董事會的報告；
（四）審議批准監事會或者監事的報告；
（五）審議批准公司的年度財務預算方案、決算方案；
（六）審議批准公司的利潤分配方案和彌補虧損方案；
（七）對公司增加或者減少註冊資本作出決議；
（八）對發行公司債券作出決議；
（九）對公司合併、分立、解散、清算或者變更公司形式作出決議；
（十）修改公司章程；
（十一）公司章程規定的其他職權。
