基金根據收費方式不同，所以扣除手續費的方式不同：
A類基金：前端收費方式，投資者在購買時，基金公司會一次性收取申購費；當賣出A類基金時，是根據持有時間，在基金淨值裡面扣除手續費。
BC類基金：後端收費方式，一般是購買的時候不支付申購贖回，但是後續會支付銷售費用，銷售費用會在基金資產裡面按日計提。因此常常在計提之後，BC類基金的淨值沒有A類基金高。
除此之外，基金公司還將收取管理費和託管基金收取託管費，二者都是逐日計提，逐日計算。所以基金淨值公告發布出來的資料，是已經計提管理費和託管費之後的，投資者也不需要另外支付費用。
大部分基金銷售都有營銷策略，因此把基金申購費或贖回費打折，所以每個銷售機構扣除的手續費不同。
