申請退稅正常退稅沒有任何影響。辦理退稅或者抵稅是正常行為，對企業以後申報沒有影響，個人所得稅APP開通綜合所得年度彙算功能，納稅人完道全可以自行申報，申請退稅也沒啥風險，現在工資試行的是累計稅制，公司財務會根據歷史工資獎金等收入資料預先報稅的，如果實際收入小於預先申報的收入，這表示預先交的稅多交了，就可以申請辦理退稅，對個人來說沒什麼影響。
辦理退稅，必須貫徹國家經濟和稅收政策。稅務機關相應設定必要的職能管理機構，建立嚴格的退稅審批制度，把住政策關口。納稅人申請退稅，須按照國家有關退稅管理制度的規定，向所在地稅務機關呈送申請退稅報告後，由稅務機關辦理退稅登記。
