1、喪失鬥志和指揮失誤：楊秀清認為只要佔領了南京，即使成不了事，也可佔領黃河以南。洪秀全則多次稱南京為“小天堂”，把“小天堂”作為奮鬥的目標。在建都問題上，洪、楊都有偏安和及早享受的思想。太平軍戰略上由主動進攻轉為被動防禦。
2、農民階級的侷限性：農民階級的分散性、守舊性，以及眼光短淺等毛病，在太平軍中都有突出表現。
3、腐敗嚴重：腐敗從根本上動搖了太平天國政權的根基。太平天國的腐敗是和建都天京同時產生的。儘管洪秀全曾經提出要建立一個沒有以強凌弱、爾虞我詐的公平世界，然而洪秀全很難把這些平等思想付諸實踐，只能按照封建王朝的等級制度，即《太平禮制》所規定的等級來規定自己所應該享受的待遇和特權。從而使腐敗越來越嚴重。
