1、發酵技術的應用。例如：酒。酒可以說是人類應用微生物最早的一方面，也是非常成功的一方面，全中國的飲酒人數超過5億，每年可以喝掉300億公斤酒,這個應該一點也不誇張。酒的主要成分就是酒精，據根不同的發酵形式，不同的發酵型別分為，發酵製備出不同型別的酒：白酒，黃酒，米酒，紅酒等等。
2、製藥。傳統合成製藥，對環境汙染比較嚴重，目前發酵製藥技術受到較大重視。微生物在醫藥方面的應用屬於現代生物技術。最早是青黴素，此後，各種抗生素層出不窮，多數是用放線菌生產的。還有維生素C、維生素E等。
3、酶製劑。酶製劑有相當廣泛的應用範圍，包括食品、飼料、化工、醫療、環境保護等領域。酶製劑絕大部分是靠微生物發酵製備，包括固態發酵和也太發酵。
4、飼料。發酵飼料就會用到乳酸菌，枯草芽孢感覺，酵母等菌株。
5、肥料。微生物肥料。
6、食品。醬油，醋，臭豆腐，黃豆醬，酸菜，酸奶等
