綠藻、褐藻、紅藻的區別主要是其色素不同。
綠藻約6700種。光合色素的比例與種子植物和其他高等植物相似。典型的綠藻細胞可活動或不能活動。具有一中央液泡，色素在質體中，質體形狀因種類而異。細胞壁由兩層纖維素和果膠質組成。食物以澱粉的形式儲存於質體內的蛋白核中。
褐藻一群較高階的藻類，約1500種，分佈大陸沿岸的冷水水體，淡水中罕見。其顏色取決於褐色素與綠色素的比例，從暗褐到橄欖綠。充氣的氣囊使葉狀體的光合部分浮於或接近水錶。
紅藻約3000種。紅藻，絕大多數為多細胞體、極少數為單細胞體的藻類。藻體紫紅、玫瑰紅、暗紅等色。紅藻絕大部分生長於海洋中，分佈廣，種類多，據統計約有558屬、3740餘種，又分為兩個亞綱：紫菜亞綱和真紅藻亞綱。其中不少紅藻有重要經濟價值。除食用外，還是醫學、紡織、食品等工業的原料。
