一般來說金剛菩提是不建議用牙刷刷洗的，由於牙刷很小，不能有效的清潔深層裡的汙垢和雜質。最好在平時用豬毛刷或者鋼絲刷刷洗，刷洗前先將其放在溫熱水中浸泡幾個小時，這樣能達到很好的清潔效果，還能有助於上色。
金剛菩提不建議用牙刷刷在清洗金剛菩提的時候，也要選擇合理的刷子，一般來說金剛菩提是可以用刷的，但是不建議常用，若是隻是清理表層上的汙垢是可以用牙刷刷的，但牙刷很小，不能有效的清潔內部中的汙垢，這樣起不到很好的清潔效果。
由於天然的金剛菩提是植物的種子，有些新籽上可能還帶有一些果肉或者其它雜質，而金剛菩提表面上的紋路很深且不均勻，一般是採用豬毛刷或者鋼絲刷刷洗，或者用鉤針將裡面的汙垢清理出來，這樣清潔的效果會更好。
由於鋼絲刷的質地比較堅硬且細密，它能將最深處的渣滓清理出來，最好刷之前將其放在溫熱水中浸泡幾個小時，以軟化裡面的雜質，再用鋼絲刷仔細清洗每個部位，之後用豬毛刷重新干刷幾次即可。
