電視劇《孽緣》的劇情主要講述了人性偏執的故事，這故事中的每一個人物，震撼人心的地方就是瘋狂，陰暗的人性，瘋狂的掙扎，瘋狂的美麗，導致了悲劇的一幕幕上演。
故事的開始，美麗的女大學生，所有人羨慕又喜愛的物件，一個好似精靈般聰慧的女子，海靈。被一個叫做劉多貴的惡棍強姦了。更讓海靈憤慨的是，劉多貴赫然竟是自己最好朋友玉梅的未婚男友。
命運把海靈無法想象的打擊突然之間送到眼前，這個頑強的姑娘並沒有崩潰，她想要報警，想要讓劉多貴受到應有的懲罰。然而海靈的父母不能理解自己的女兒，這突然的噩耗讓兩位老人無法承受，甚至把怒火灑在了女兒身上。而海靈的哥哥也為了報復劉多貴，失手將其打傷，鋃鐺入獄。
同時海靈的好友，劉多貴的未婚妻玉梅，為了保住自己將要成婚的丈夫。背叛了海靈，為劉多貴做了假證。讓劉多貴逃脫了懲罰，更可怕的是，海靈懷孕了。社會的輿論，路人的低語，都讓海靈無法承受，她離開了自己的故鄉，這個讓自己命運轉折的地方。
在最艱難的時刻，一個名叫李保全的男子出現在海靈眼前，這是個胸懷廣闊的男人，他不計較海靈的過去，他不顧家裡的種種反對，毅然走到海靈身邊，用自己純真的心，化開了海靈內心中的寒冰，讓她終於願意再次接受一個能夠理解自己，溫暖自己的心。
只要有李保全在身邊，就算劉多貴依然糾纏在左右，海靈已經不再慌張，她終於找到讓自己停泊的港灣，李保全和海靈關係越來越好，這對善良的人幫助了很多人，包括一個叫郭浩東的打工仔，郭浩東離開前對二人感激涕零。此時劉多貴也因為走私假煙被抓進監獄，海靈鬆了口氣，覺得苦難應該都已過去，幸福的未來已經在向她招手。
