對於這種新冠病毒的來源，一直是爭議不斷，眾說紛紜。2020年1月10日，復旦大學張永振團隊首次研究並公佈了該病毒基因系列，此後對於該病毒的來源、傳染途徑以及基於各種宿主的爭議達到高潮。
一時間，一石激起千層浪，國內吃瓜群眾紛紛群起而攻之，指責武漢人吃蝙蝠，說因為武漢人嘴饞，吃蝙蝠導致了病毒的發生，武漢人一瞬間成了名副其實的背鍋俠。然而，後來的調查結果發現，華南海鮮市場並沒有蝙蝠出售，而且一直沒有那方面的生意。所以，很顯然，說武漢人吃蝙蝠是一個偽命題，顯然站不住腳，既然這種病毒來源於蝙蝠，而華南海鮮市場又沒有蝙蝠出售，那麼只有一種可能，就是有中間宿主攜帶了此種病毒。
