加強飼養管理，經常維持較強的群勢，做好蜂群的保溫，是預防此病的前提。為了減少病毒對幼蟲連續感染，可利用蜂群從分群到新王產卵這段時間的斷子期，或人為地幽閉蜂王，造成一段時間的斷子期，來打斷囊狀幼蟲病的流行環節。這是預防此病的重要手段，另外，在野外花粉不多的發病季節，用少量酵母片或維生素B加入糖漿飼餵蜂群，也有較好的預防效果。在平時，注意選擇抗病力強的強群培育蜂王，以更換病群的蜂王，可以大大提高蜂群的抗病力。另外，中蜂囊狀幼蟲病的病原不耐高溫，蜂具和蜂蜜可用煮沸消毒。蜂箱清洗乾淨後晒乾，再用硫磺煙燻10~15分鐘，也能達到消毒的目的。
藥物防治，可隨意採用下列中一種：
1、半枝蓮狹葉韓信草、向天盞、探耳草、：用乾草一兩，加入適量清水，先以猛火煮沸，繼以微火續煎15~20分鐘，濾渣後，趁熱配成濃糖漿，於傍晚可喂8~10框蜂。每隔5~7天喂一次。
2、雄蒜醇合劑：每10框蜂，用精篩雄黃1克、鮮蒜6~8克，搗碎成泥，加75%乙醇酒精、10毫升，再加蒸餾水40毫升，裝入廣口瓶內搖勻備用。使用時，將蜂抖入箱底，用清潔的手提噴霧器裝進藥液，對脾噴霧，每脾兩面各噴3~4下，放回原處。噴脾後第三天，病蟲屍即被工蜂拖光。
3、用馬鞭草1兩、墨旱蓮1兩、大蒜頭半兩，加入適量水煎煮後，過濾去渣，按1：1配入白糖溶化，可喂10框蜂。每隔三天喂一次。
4、用馬鞭草1兩、積雪草1兩、車前草1兩、刺莧半兩，加入適量水蒸煮後，過濾去渣，按1：1配入白糖溶化，可喂10框蜂。每隔三天喂一次，直至病好為止。
5、病毒靈：每框蜂用半片，嚴重的每框用一片，溶解後配入濃糖漿，每隔3-5天喂一次，直至病好為止。
