1、防治蟲類侵害。一般來說像蟎蟲蚜蟲，都是比較喜歡在溫暖的地方繁殖，恰巧在南方紅豆杉生長的時候，需要的溫度也比較高，所以此時就不免會出現問題。在這個時候要注意檢查樹苗的生長情況，及時發現及時打殺蟲劑，就會有效的防治蟲類的傷害。
2、防治自身的腐爛枯萎。南方紅豆杉的存活率還是比較小的，當他生長的時候，有可能葉子就會枯萎、根部或者頸部就會腐爛，這個時候如果發現一株，就要趕緊移植，以免影響別的，再者就是及時的做好施肥和排水工作。不要讓水分太多，以免根部發澇就會腐爛。
3、綜合防治。在幼苗生長之前，對其培養地進行完整全面的消毒，生長的土壤也要滴灌消毒溶液以防腐爛，在澆水灌溉的時候，往水中也需要一些消毒措施，一般都是使用藥劑來防止病蟲害。當然也可以採取別的方法，比如說採用此種蟲子的天敵來消滅蟲子，或者是直接使用農藥。
