孤島驚魂結局可以選擇離開或是反抗，離開就是主角被洗腦也就是所謂的壞結局；反抗是將異教徒首領殺死。主角被雅各洗腦殺人後，被反抗軍男首領救了回來，女首領曾表示這樣的人不能收留是個禍害。主角最後因為被洗腦殺死了反抗軍男首領。而法警被洗腦後也殺了同伴並且自殺了。
所以我們看到警長本就不是意志堅定的人，在逮捕神父的過程中一再要求法警控制，甚至想要退縮。在被洗腦的堡壘中說過堅持不住了的話，準備踩凳子上吊自殺。請注意不是藥物控制他讓他自殺。但主角破壞了費絲的堡壘和洗腦藥物，警長便說他清醒了，咱們趕快離開堡壘。
