1、網上提交。事業單位每年於3月31日前在網上提交《事業單位年度報告書》及相關材料，如由於特殊情況不能按時申請年檢，應於3月31日前向市事業單位登記管理局申請延期年檢，延期時間一般不超過三個月。
2、受理、稽核。市事業單位登記管理局對提交的材料進行稽核，併網上回複審理意見。
3、報送書面材料。申請單位需及時在網上查詢市事業單位登記管理局的回覆意見，如稽核通過，需在10個工作日內，從網上下載經稽核的表格，按要求蓋章後，連同相關檔案材料，到市事業單位登記管理局進行復核。
4、複核。市事業單位登記管理局對填報規範、材料齊全的事業單位予以受理，進行復核，並做出“年檢合格、年檢不合格”的結論。
市事業單位登記管理局在審查期間，根據情況可以要求事業單位提交有關材料和有關檔案，也可以要求法定代表人和有關人員說明情況，對年檢合格的事業單位，在其《事業單位法人證書》正副本上加蓋年檢標記；年檢不合格的，視情節輕重，限期糾正或按《條例》等有關規定進行處理。
