小規模納稅人開的增值稅專用發票，應該是由稅務部門代開的“徵收率”為3%的增值稅專用發票，這種代開的“徵收率”為3%的增值稅專用發票，可以抵扣，按照代開的增值稅專用發票註明的稅額抵扣。
值稅專用發票抵扣規定是取得合法扣稅憑證。納稅人取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
合法扣稅憑證的種類：
增值稅專用發票；
一般納稅人(從國內)購進貨物或者應稅勞務的進項稅額，為從銷售方取得的“增值稅專用發票”上註明的增值稅稅額。
海關進口增值稅專用繳款書；
一般納稅人進口貨物的進項稅額，為從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅稅額。
農產品收購發票；
按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和規定的扣除率計算進項稅額抵扣。
農產品銷售發票；
代扣代繳稅款的完稅憑證；
符合規定的國內旅客運輸發票。
