南京博物院目前有各類藏品42萬件，國寶級文物和國家一級文物有二千件以上。
藏品上至舊石器時代，下迄當代，包括石器、陶器、玉器、青銅器、瓷器、書畫、織繡、竹木牙雕、民俗和當代藝術品等，國家一級以上文物1062件。藏品中，考古發掘品具有很高的歷史、藝術和科學價值。
其中新石器時代的“玉串飾”，戰國時期的“錯金銀銅壺”、“郢爰”，西漢的“金獸”，東漢的“廣陵王璽”、“錯銀飾青銅牛燈”，東漢的“鎏金鑲嵌神獸銅硯盒”，西晉的“青瓷神獸尊”，南朝的“竹林七賢與榮啟期”模印磚畫，明代的“釉裡紅歲寒三友紋梅瓶”等10件藏品為國寶級文物。
