上海海事大學商船學院其前身可以追溯到1909年南洋公學船政科吳淞商船專科學校。1995年4月，航海系、輪機系合併組建商船學院。
現設有航海系、輪機工程系、航運模擬技術教育部工程研究中心、航海科學研究所、中法聯合伽利略系統與海上安全智慧交通研究所、上海國際海事研究中心以及上海海事大學—挪威船級社國際合作中心。有載運工具運用工程、交通訊息工程及控制、輪機工程3個博士點；載運工具運用工程、輪機工程、交通訊息工程及控制、製冷與低溫工程等4個碩士點；船舶與海洋工程、交通運輸工程2個工程碩士點；航海技術、輪機工程、船舶電子電氣工程、熱能與動力工程、能源工程及自動化、海洋管理6個本科專業。
