1、設立根據不同：國有獨資公司依照公司法設立，並受公司法調整。而一般的國有企業則是依照全民所有制工業企業法設立，並受全民所有制工業企業法的調整。
2、財產權性質不同：國家通過其代表國有資產監督管理機構，作為國有獨資公司的股東，對公司財產依法享有和行使股權，國有獨資公司對公司財產享有法人財產所有權。而一般的國有企業中，國家作為企業的所有人對企業財產享有所有權，企業作為法人單位對企業財產享有的是經營管理權。
3、管理體制不同：國有獨資公司設立董事會，其成員由國有資產監督管理機構委派，其董事長、副董事長由國有資產監督管理機構從董事會成員中指定。法定代表人可由董事長、執行董事或經理擔任。而一般的國有企業則實行廠長(經理)負責制，廠長或經理是企業的法定代表人。
