1、適用法律不同，個人獨資企業依照《個人獨資企業法》設立，個體工商戶按照《民法通則》和《城鎮個體工商戶管理暫行條例》等規定設立。
2、個人獨資企業只能由個人出資設立，而個體工商戶既可以由一個自然人設立，也可以由家庭出資設立。
3、個人獨資企業投資人以其個人財產對企業債務承擔無限責任。只有在企業設立登記時明確以家庭共有財產作為個人出資的，才依法以家庭共有財產對企業債務承擔無限責任;而個體工商戶的債務如屬個人經營的，以個人財產承擔。如屬家庭經營的，以家庭財產承擔。
4、個人獨資企業是經營實體，是一種企業形態，個體工商戶不採用企業形式。一般認為屬於“個人”。
