第一，同等學力申碩和在職研究生含義不同。在職研究生採用的是一邊工作一邊學習的模式，專門為在職人員提供的進修模式，屬於國民教育，同時也是國家研究生教育計劃的一部分。在職研究生有多種報考形式，其中包括同等學力申碩。同等學力申碩屬於研究生非學歷教育，在獲得在職研究生學位後，表明其在學術上已經達到碩士學位的學術水平，具有碩士學位畢業研究生同等學力。第二，同等學力申碩和在職研究生獲得證書不同。同等學力申碩在最後只能獲得碩士學位證書，不能獲得學歷證書;而在職研究生有兩種形式，其中一月聯考在職研究生是可以獲得在職研究生雙證的，只要達到一月聯考條件要求即可。第三，兩者之間屬於包含與被包含的關係。在職研究生有多種報考形式，其中同等學力申碩則屬於在職研究生報考形式中的一種，所以說同等學力申碩包含於在職研究生中，兩者是密不可分的。想要參加在職研究生專業課程學習的人員，是可以通過同等學力申碩的方式參加的，只要達到在職研究生報考條件要求即可。
