1、首先需要清楚的是目前沒有好的清洗方法，這是因為可能清洗比不清洗更容易使淨水機變壞，最基本的是很難在無菌環境中，使用純水洗滌，而且用自來水洗不會有多大的用處。
2、其次，儲水罐是純水機的致命傷，水就要現制現飲，而純水機當然時做不到這點的，因此建議一定時間後，更換一個儲水罐可能會更好。
3、家用或者商用淨水機在使用久了之後，儲水桶部分肯定是會有很多水垢和微生物的。對於水垢，建議採取專用清洗劑泡洗。把水垢清洗劑倒進水桶裡，然後灌滿水浸泡12小時以上，最後再用清水清洗即可。如果桶內長了青苔，建議先拿到通風的地方讓青苔部分徹底幹掉之後，再用清洗劑就很容易剝落了。
