從本地稅務機關的官網上面下載軟體《自然人稅收管理系統扣繳客戶端》；
在電腦上進行安裝。
進行扣繳單位基本資訊錄入。按照提示錄入企業程式碼、已實名認證人員（申報操作人員）資訊、設定登入密碼，然後登入軟體。
進行“人員資訊採集”，完成對本單位員工個人基本資訊的錄入。
可以逐個錄入資訊，也可以下載匯入模板，在模板中填寫然後批量匯入軟體中。
在進行收入和扣繳稅款資料錄入。一般日常操作通過《扣繳所得稅報告表》進行，可以逐個員工錄入，也可以批量匯入。
申報資料錄入、儲存以後，就可以點選“申報表報送”，選擇需要報送的申報表，點選“傳送申報”，然後點選“下一步，稅款繳納”，按提示完成操作就可以了。
