開國皇帝明太祖朱元璋功成定都於南京，而後明成祖朱棣奪權成功定都於北京，故此有”南北“京師的說法。
1368年正月初四，朱元璋以應天府（南京）為京師，國號大明，年號洪武，朱元璋稱帝。後進行北伐和西征，同年以“驅逐胡虜，恢復中華” 的口號命徐達、常遇春等將北伐，攻佔大都（即北京），元順帝北逃，徹底結束蒙古在中原的統治，中國再次迴歸由漢族建立的王朝統治之下。朱棣在姚廣孝的建議下以“清君側，靖內難”的名義起兵，最後率軍南下，攻佔南京，史稱靖難之役。後明惠宗在宮城大火中下落不明，朱棣即位，改元永樂。1405年，朱棣將北平改名北京，稱行在，設立北平國子監等衙門。1416年，朱棣公佈遷都的想法，隔年開始大規模營造北京，1420年完工，隔年遷都。
