行政事業單位會計基礎工作方面存在的問題如下：
1、會計管理制度不健全。行政事業單位會計管理制度的修訂普遍不完善和不及時，與新的財經法規和制度銜接不好，與單位情況變化和制度實際執行情況不相適應。少數單位對發票支票等重要管理制度的重要性認識不足，不按財務管理要求制定票據管理制度。
2、原始憑證不真實。有的行政事業單位對原始憑證稽核不認真，對外來原始憑證的合法性沒有按規定稽核，以白條支付報銷，領款人用圓珠筆或鉛筆簽字；支款單和支款報銷單使用混亂；借款、報銷、轉賬等憑證或沒有領導人簽字，沒有報銷人簽字也沒有稽核人簽字。
3、財務報告資料失真。行政事業單位為了達到一定的目的，隨意編制財務報告，成為名副其實的編表造成賬表不符，單位財務會計報告中雖然有報表但沒有文字說明和財務分析，影響了會計報表閱讀者的正確理解。
