1、微生物是自然界最重要的分解者，對維持生態平衡重的物質迴圈、分解生物遺體有極為重要的作用；
2、一些自養微生物，如藍藻，還有一些浮游微生物，是食物鏈的起始端；
3、有些微生物可以分解有毒物質，對汙水處理、自然界自淨作用有很重要的意義；
4、迄今為止，能夠分解石油等烴類有機物的只有微生物,對處理石油汙染有很重要的作用；
5、在一些沒有陽光的地方，自養微生物是整個生態鏈的基礎。如海底熱液孔生態中的硫細菌；
6、能夠致病的微生物能夠控制它們的寄主的數量，甚至影響寄主的進化方向，對整個生態平衡有很重要的作用；
7、一些動物和植物都有共生微生物，如果缺少這些微生物，它們的生長就會受到不同程度的影響。如豆科植物和根瘤菌、地衣中的真菌。
