清朝定都北京後，撤消皇城內諸內廷供奉衙署，將西苑大片土地改為民居，同時在北海、中海、南海三海周圍設定“內紅牆”，御苑範圍退縮至內紅牆之內。
相對政治象徵的紫禁城，清帝更喜園居，順治、康熙、乾隆諸帝均在中南海內興建殿宇館軒，作為避暑聽政之所。同治、光緒年間，慈禧太后及皇帝按禮制在十二月從頤和園移居紫禁城時，也多在中南海內居住，僅行禮時前往紫禁城。戊戌變法失敗後，慈禧太后曾將光緒帝囚禁於南海中的瀛臺。
1900年義和團運動時期，八國聯軍入侵北京，中南海成為俄軍駐地，苑內文物陳設被掠一空，八國聯軍總司令瓦德西佔領北京後，居住於中南海儀鸞殿。溥儀即位後，曾在中海西岸集靈囿修建攝政王府。
