1、天然培養基：這類培養基含有化學成分尚不清楚或化學成分不恆定的天然有機物，也稱非化學限定培養基。牛肉膏蛋白腖培養基和麥芽汁培養基就屬於此類。此外，基因克隆技術中常用的LB培養基也是一種天然培養基。
2、合成培養基：這是由化學成分完全瞭解的物質配製而成的培養基，也稱化學限定培養基。高氏1號培養基和查氏培養基就屬於此種類型。配製合成培養基時重複性強，但與天然培養基相比其成本較高，微生物在其中生長速度較慢。
3、固體培養基：在液體培養基中加入一定量凝固劑，使其成為固體狀態即為固體培養基。理想的凝固劑應具備的條件有：不被所培養的微生物分解利用；凝固劑凝固點溫度不能太低，否則將不利於微生物的生長；凝固劑對所培養的微生物無毒害作用。常用的凝固劑有瓊脂、明膠和矽膠等。
