基督教和三自教區別：
1、元首不同 ：三自教以政府為首，以宗教政策為原則管理；基督教以基督為元首，以聖經教導為依據治理；
2、聖職設立不同 ：三自教內聖職人員必須由宗教事務局批准後才能設立。基督教是按聖靈的恩膏，受真理的裝備，有恩賜，被教會認可，合乎屬靈的道德品質而設立。
3、根基不同： 三自教是由政府所發起的三自革新運動而產生，並以吳耀宗為首的社會福音派為主流。部分三自教發起者並非基督徒。 基督教是以聖經為信仰基礎，又繼承基要派 及福音派之傳統而發展的。
4、道路不同 ：三自教實行政教合一，順從政府宗教政策，並參加政治運動。 基督教主張政教分離，在合乎聖經的原則下順服政府，但當兩者牴觸時，是順從神而不順服人，並願為順服神付上代價，就是走十架道路。
5、使命不同 ：三自教只能在登記的教堂內進行各種宗教活動，畫地為牢。 基督教則遵行大使命，在艱難中奮力傳福音、建立牧養教會，得以迅速發展。
