1、吏部：長官稱吏部尚書，置吏部侍郎二人。
2、戶部掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分政務，職責多有交叉。清還設有掌管八旗事務的八旗俸餉處及現審處。隸屬於戶部的機構有掌鑄錢的錢法堂及寶泉局。掌庫藏的戶部三庫。掌倉儲及漕務的倉場衙門。
3、禮部：禮部下設四司，儀制清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事。祠祭清吏司，掌吉禮、凶禮事務。主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務。精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務。
4、兵部：掌全國武官選用和兵籍、軍械、軍令之政。
5、工部：工部下設總部、屯部、虞部和水部四屬部，洪武二十六年，改尚書二十四部為二十四清吏司，工部各屬部分別改為營繕清吏司、虞衡清吏司、都水清吏司和屯田清吏司，職掌、設官仍前。
6、刑部：審定各種法律，複核各地送部的刑名案件，會同九卿審理“監候”的死刑案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件。刑部的內部組織機構的設定是按省設司。
