野生水草往往帶有害病菌或寄生蟲或螺類，故不可以直接種在魚缸裡。種進魚缸的野生水草需要經過消毒處理。
消毒處理方法有食鹽消毒、硫酸銅消毒、高錳酸鉀消毒。
食鹽消毒：1升水對25克食鹽，將水草浸15秒，取出用清水衝淨。消毒時間太長水草會脫水，太短達不到消毒的效果；
硫酸銅消毒：1升水中加入3克硫酸銅，將水草浸5分鐘，用清水沖洗。硫酸銅的藥性很強，水草不能浸太長時間，以免水草枯死。硫酸銅可以反覆使用，不會失效。對殺死藻類特別有效；
高錳酸鉀消毒：1升水對2克高錳酸鉀，將水草浸5分鐘，用清水衝淨。高錳酸鉀的殺菌殺蟲力很強，缺點是高錳酸鉀不能重複使用。
