敦煌研究院是國家級別的單位，敦煌研究院的前身是1944年成立的國立敦煌藝術研究所，1950年改組為敦煌文物研究所，1984年擴建為敦煌研究院。敦煌研究院是敦煌學研究的科研單位。
敦煌研究院敦煌文獻研究所，成立於1980年，原為敦煌文物研究所遺書研究室，1984年擴建為敦煌研究院遺書研究所，1995年改今名。為敦煌研究院專門從事敦煌文獻的整理和研究的職能部門，主要從事敦煌莫高窟藏經洞出土的各類文獻的整理和研究工作，內容包括敦煌佛教文獻、敦煌社會經濟文獻、敦煌歷史地理文獻、敦煌科技史文獻、敦煌文學文獻、敦煌道教及其它宗教文獻、藏經洞藝術品等的整理和研究。近根據敦煌學發展的需要及自身的研究條件，敦煌文獻研究所的研究人員主要集中從事敦煌文獻與敦煌石窟的結合研究、敦煌文獻與敦煌史地的結合研究等。
