辦理境外投資許可證，首先需先在商務部系統提交相應的公司資訊，並提交相關資料，然後遞交至經貿委視窗，等稽核通過後領取證書。
《境外投資管理辦法》第九條規定，對屬於備案情形的境外投資，中央企業報商務部備案;地方企業報所在地省級商務主管部門備案。中央企業和地方企業通過"管理系統"按要求填寫並列印《境外投資備案表》加蓋印章後，連同企業營業執照影印件分別報商務部或省級商務主管部門備案。《備案表》填寫如實、完整、符合法定形式，且企業在《備案表》中宣告其境外投資無本辦法第四條所列情形的，商務部或省級商務主管部門應當自收到《備案表》之日起3個工作日內予以備案並頒發《證書》。
