清洗牡蠣時，最好戴乳膠手套，把牡蠣放入水中，用刷子把牡蠣殼上附著的泥沙刷洗乾淨。然後，把水倒掉，加一些麵粉，與牡蠣拌勻，目的是讓麵粉吸走牡蠣的粘物。接下來，用清水把麵粉沖洗乾淨，加一些鹽再衝洗幾遍即可。如果牡蠣表示還有粘物，那說明還沒有洗乾淨，可以重複上面的步驟，多洗幾遍就可以了。
新鮮牡蠣肉的清洗方法：
如果買的是新鮮的牡蠣肉，裡面往往混有破碎的牡蠣殼或其他雜質，只要在其中滴入適量的植物油(花生油)，就比較容易清洗乾淨了。牡蠣肉中黑的東西是牡蠣的內臟團，裡面應該會有少量糞便，但吃的時候，大部分人都沒有去掉這個部分，如果很在意，也可以摘除後食用。
