因為"免、抵、退"稅辦法影響企業應徵稅源，進而減少稅收收入。根據"免、抵、退"稅辦法的規定，"免、抵、退"稅中的"免"稅是指對企業出口貨物免徵本環節應繳的增值稅；"抵"稅是指對企業出口貨物中包含的進項稅金在其內銷貨物的應納稅款中予以抵頂；"退"稅是指當企業一定時期內應抵頂的稅額大於應納稅額而未抵頂完時，經主管退稅機關批准，對未抵完的予以退稅。從上述定義不難看出，實行"免、抵、退"稅辦法的企業，由於其出口貨物的應繳稅金免徵，並且出口貨物所包含的進項稅金要在內銷貨物的應納稅款中予以抵頂，因而相比不實行"免、抵、退"稅辦法時，企業在財務核算和納稅申報時計算的應繳稅金勢必大大減少，企業直接申報繳納的稅收收入也就相應減少。企業出口貨物佔的比重越高，實行"免、抵、退"稅辦法後減少的稅源和收入也就越多。增值稅收入減少，隨之附徵的城市維護建設稅、教育費附加也相應減少。
