牙結石的治療主要分為兩方面：一方面是對菌斑的控制，以減少牙結石的形成和細菌對牙齦的侵害；另一方面用潔治的方法清除附著在牙齒表面的牙結石，防治結合才能更好的達到治療效果。
齦上潔治術是清除齦上菌斑和牙石的主要方法，常用潔治術的機械主要有手用潔治器和超聲波潔牙機兩種。因為用超聲波潔牙機可以用更少的時間達到和手動潔治器相同的治療效果，所以臨床常使用超聲波潔牙機進行治療。
醫生用超聲波潔治器在附著牙結石的牙面來回移動，利用超聲波振碎牙結石，同時會有水霧不斷噴出，將振碎的牙結石沖洗乾淨。
牙齒上色素沉澱嚴重者還需要進行噴砂、拋光，以去除牙面上細小的牙結石碎屑和殘留的菌斑、色素，達到減少牙菌斑和牙結石再次附著牙面的目的。
