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清華大學國家重點實驗室共有13個,分別是:化學工程聯合國家重點實驗室,環境模擬與汙染控制聯合國家重點實驗室,低維量子物理國家重點實驗室,膜生物學國家重點實驗室,精密測試技術及儀器國家重點實驗室,整合光電子學國家重點實驗室,微波與數字通訊技術國家重點實驗室,智慧技術與系統國家重點實驗室,水沙科學與水利水電工程國家重點實驗室,摩擦學國家重點實驗室,汽車安全與節能國家重點實驗室,電力系統及發電裝置控制和模擬國家重點實驗室,新型陶瓷與精細工藝國家重點實驗室。
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