該校最好的專業是臨床醫學和核工程與核技術專業。南華大學在核技術，核地質，核安全和醫學方面實力雄厚，核技術全國頗負盛名。下面對臨床醫學及核工程與核技術專業進行詳細介紹：
1、臨床醫學：旨在培養從事各種臨床醫療工作的高階醫務人才。主幹課程有人體解剖學，組織學與胚胎學，生物化學，醫學微生物學，醫學免疫學等。學制為五年，畢業後授予醫學學士學位；
2、核工程與核技術專業：主幹學科有核科學與技術，物理學，動力工程及工程熱物理。核心知識領域與專業核心課程有原子核物理，輻射探測及核資訊處理，核反應堆物理，核電廠系統與執行，核電子學，輻射防護與核安全，反應堆熱工學，核技術及應用，加速器原理及應用，放射化學。畢業後授予工學學士學位。
